目前复合专用肥应用主要是集中在三大地区：一是南方水稻种植地区，应用范围达到4700万亩，使用量超过10万吨。二是大中城市周边地区，该地区多为蔬菜、新鲜水果等经济价值较高的栽植地区，应用微生物菌肥可提升农副产品品质，减少土传病害的产生，提升农副产品的经济价值。三是珠三角、长三角的污染耕地地区，已经探寻应用复合专用肥抑止重金属超标、减少化肥使用量，保护环境的工艺方式 和对策。